細胞内における消化にはリソゾームが関係しており、リソゾーム内部には加水分解酵素(消化酵素)が多量に含まれている。細胞内には様々な細胞小器官がみられるが、これらのうちリソゾームやゴルジ体などの単膜系のものは小胞体からつくられている。
 細胞は透過性によらずに、外界から固形物質を取り込んだり、液体を飲み込むようにして吸収することがある。これを細胞食、細胞飲という。細胞食により細胞内によって形成された食胞は一次リソゾームと融合する。食胞などが一次リソゾームと融合したものは二次リソゾームと呼ばれ、ここでは取り込まれたものが消化される。この時消化されなかったものは、細胞外へ排出される。
 また、リソゾームは細胞内の不要になった構成成分の分解も行う。